Créée le 1er juillet 1999, par changement de dénomination de l'ECS. Elle a pour mission d'armer et de déployer le PC régimentaire lors des exercices tactiques et de mettre sur pied des détachements sur les théâtres d'opérations extérieurs, lors de missions de courte durée. L'escadrille est incorporée au BAA, à la création de celui-ci, le 07 juillet 2011.
Ancrée au sein du camp La Horie, l’escadrille de commandement et de logistique (ECL) conjugue une multitude de spécialités.  Elle est structurée autour de deux pelotons organiques qui sont le peloton de ravitaillement et de transport (PRT) et le peloton transmissions. En parallèle, elle arme les effectifs du BOI, de la cellule ressources humaines et de l’état-major. Ses missions s’inscrivent dans les enjeux opérationnels du régiment. À ce titre, pendant les différents exercices régimentaires et interarmées, elle est en mesure d’administrer, d’acheminer, de transmettre et de soutenir l’ensemble du centre des opérations. Au cours des années, elle a su tisser des liens étroits avec la commune jumelée de Walscheid, liens encore renforcés lors de la crise sanitaire. Unité résolument opérationnelle, l’aguerrissement et l’entraînement sont au cœur de ses préoccupations et engendrent la solide cohésion de l’escadrille.​