La 2e EMH est héritière de l’escadrille de maintenance COUGAR du 4e RHCM. En 1999, celui-ci est dissous, et l’escadrille de maintenance rejoint alors le 6e RMAT, sous l’appellation de 5e compagnie de maintenance aéronautique. C’est le 1er juillet 2002 que cette unité passera sous le commandement du 1er RHC sous sa forme actuelle, elle est chargée de l'entretien des hélicoptères PUMA, COUGAR et des CAÏMAN à partir de 2013. 
Au départ des COUGAR pour Pau et à la clôture du programme HORIZON, elle se concentre sur le PUMA jusqu’en 2013, où la préparation de l’arrivée du CAÏMAN et de son environnement résolument moderne et la mise en application de la navigabilité viennent s’ajouter à son quotidien. Cette période de transition, marquée par un investissement conséquent tant sur le plan des infrastructures que de la formation des techniciens, a demandé une adaptation de tous les instants mais a permis une arrivée sereine du premier NH90 en décembre 2013. Aujourd’hui, la 2e EMH se consacre exclusivement au CAÏMAN.
De nombreuses missions et déploiements ont ponctué la vie de l’escadrille et de son personnel : de l’Afghanistan au Gabon, en passant par la bataille d’Abidjan en RCI au sein de l’opération LICORNE, à bord des bâtiments de la Marine nationale pour les missions CORYMBE et HARMATTAN, mais aussi ÉPERVIER, SERVAL et BARKHANE au Mali, où l’escadrille sera en auto-relève de 2014 à 2019. Sur le territoire national l’escadrille est présente également au sein des opérations IRMA à Saint-Martin, SENTINELLE et plus récemment RÉSILIENCE au profit des malades du COVID 19.

Remerciements : le commandant d'unité de la 2e EMH.