Créée le 1er juillet 1985, à Phalsbourg, avec les éléments de la 6e EHM du 2e RHC (dont elle est héritière des traditions) à la suite de la suppression du détachement de Fribourg, la 3e EHM est dotée de dix PUMA. Elle se distingue lors de l'opération Daguet où elle est décorée de la croix de guerre avec une citation à l'ordre du corps d'armée. En début d'année 1991, l'escadrille reçoit des COUGAR et en décembre elle emménage dans des bâtiments neufs de la "marguerite" nord-ouest. Au 1er juillet 1995, la 3e EHM est incorporée au sein du 1er bataillon d'hélicoptères de manœuvre (1er BHM, créé ce jour, et comprenant en outre, les 2e EHM et 5e EHM ainsi que l'ECSR). Le 30 juin 1999, à la dissolution du 4e RHCM et du 1er BHM, l'escadrille est détachée au 6e RHC de Compiègne sous la même appellation de 3e EHM, tout en restant stationnée à Phalsbourg. Elle deviendra la 3e EHM du 6e RHC, le 1er juillet 2001.